휠체어농구는 1945년 영국 아이레스베리시에 위치한 스톡 맨디빌 병원 국립척수손상센터의 소장이자 신경 전문의였던 굿맨 박사가 척수 손상 치료 수단의 하나로 채택하면서 그 역사가 시작되었다. 이후 1949년 농구의 발원지인 미국에서 휠체어농구협회가 설립되어 정식 경기 종목으로 발전하게 되었다.

현재 전 세계 78개국이 휠체어농구를 시행하고 있으며, 유럽을 중심으로 빠르게 확산되고 있다. 아시아 지역에서는 한국, 일본, 중국, 홍콩, 대만, 말레이시아, 필리핀, 태국, 싱가포르 등이 참여하고 있으며, 2000년대 이후 참여국이 지속적으로 증가하는 추세이다.

우리나라의 휠체어농구는 1984년 삼육재활원팀 창단을 시작으로 본격적으로 보급되었다. 현재 장애인팀 17개, 비장애인팀 6개, 지적장애인농구팀이 전국적으로 활동하고 있다. 공식 경기는 1985년 10월 전국장애인체육대회 시범 종목으로 첫선을 보인 이후, 현재는 온양온천배와 홀트배, 우정사업본부장배 등 다수의 정기 대회가 개최되고 있다.